تخلیه بیش از پنجاه میلیون تن خاک و شن دراین منطقه و حضور بیش از 40 هزار خانه مسکونی در این جزایر می‌تواند موجب بروز آلودگی‌های زیست‌محیطی در حاشیه خلیج فارس شده و تغییر اکوسیستم این منطقه را به همراه داشته باشد.
از طرفی پیش بینی استقبال میلیون‌ها گردشگر از جزایر چهارگانه نخیل باعث شده است تا بسیاری از کارشناسان نسبت به تغییر اقلیمی حاشیه جنوبی خلیج فارس اظهار نگرانی کرده و نسبت به مخاطرات آن هشدار دهند.
معاون محیط زیست دریایی سازمان حفاظت محیط زیست ضمن انتقاد از ساخت جزایر مصنوعی توسط کشورهای عربی در خلیج فارس گفت: نه‌تنها ایران، که سازمان منطقه‌ای راپمی هم به این ساخت و سازها معترض است. این موضوع در اجلاس قطر هم مطرح شد وتلاش و پیگیری برای کنترل این ساخت و سازها همچنان ادامه دارد.
از طرفی در حالی که حدود یک سال از وعده دولت مبنی بر آزادسازی سواحل خزر می‌گذرد، محمدباقر نبوی می‌گوید: هنوز مصوبه مربوطه از سوی دولت به سازمان حفاظت محیط زیست ابلاغ نشده است.
دکتر محمدباقر نبوی در جمع خبرنگاران افزود: براساس ماده 63 برنامه چهارم توسعه، آزادسازی و احیای حریم 60متری سواحل خزر امری ضروری است. از همین رو آیین‌نامه اجرایی آن تهیه و در هیأت دولت به تصویب رسیده است. اما هنوز ابلاغی در این زمینه صورت نگرفته و این سازمان منتظر ابلاغ مصوبه مذکور است.
معاون محیط‌زیست دریایی سازمان حفاظت محیط زیست درباره هتل‌سازی در سواحل خزر تصریح کرد: به‌رغم آن که درخواستهایی به سازمان ارائه شده، اما هنوز هیچ پاسخی به این درخواستها داده نشده چرا که هرگونه موافقتی منوط به ظرفیت‌سنجی لازم در این زمینه است.
وی با اشاره به مشکلات ناشی از تخریب سواحل دریا، تأکید کرد: برای حفظ محیط زیست ضروری است میزان و نوع جریمه‌ها تغییر کند به‌طوری که کسی جرأت تخریب و تخلف را نداشته باشد. برای نمونه با تصویب قانون، شخص متخلف افزون بر پرداخت جریمه، ملزم به بازسازی محیط تخریب‌شده نیز باشد. این روالی است که در برخی کشورها از جمله چین به اجرا درآمده و بسیار کارساز بوده است.
این مقام مسئول سازمان حفاظت محیط زیست حوادث نفتی را یکی از بزرگترین تهدیدهای سلامت محیط زیست خلیج فارس دانست و افزود: با توجه به این که سال گذشته
12 حادثه نفتی در خلیج فارس به‌وقوع پیوست، بررسی شاخص‌های آلودگی در رسوبات و ماهیان خلیج فارس در منطقه بوشهر و بندرعباس در دست اجراست و انتظار می‌رود با اعلام نتیجه این بررسی‌ها، اقدامات لازم برای مقابله با حوادث مشابه به مرحله اجرا درآید.
